La rivière Lukuga sort du lac Tanganyika dans la ville de Kalémie en territoire du même nom, dans la province de Tanganyika. Elle est ce qu'on appelle l'exutoire ou émissaire du lac Tanganyika qu'elle le relie au fleuve Congo.
La Lukuga a un parcours d'Est en Ouest de manière générale en se frayant un chemin à travers la chaine des montagnes des Mitumba. Avant de quitter le territoire de Kalemie, elle reçoit dans sa rive gauche, la rivière Niemba près de la localité du même nom. A sa sortie du territoire de Kalemie, elle pénètre dans le territoire de Nyunzu où elle prend la direction Nord-Ouest en reçevant sur sa rive droite, la rivière Luilu. Après cette confluence de la Luilu, la Lukuga prend la direction Sud-Ouest qui l'emmène dans le territoire de Kabalo où elle reçoit sur sa rive gauche, la rivière Luizi sans doute son plus grand affluent. Les 18 derniers kilomètres de son parcours avant son embouchure, la Lukuga est une frontière entre les territoires de Kabalo et Kongolo. Après avoir parcouru 325 km, la Lukuga se jette dans le fleuve Congo à mi-chemin entre les localités de Kabalo et Kongolo.
Ses principaux affluents :
- Lufwango
- Luizi
- Niemba
- Luilu
- Muki