L'Uele se forme par la rencontre des rivières Dungu et Kibali près de la localité de Dungu dans la province du Haut-Uele à plus de 690 m d'altitude. Peu après sa formation, l'Uele est déjà une frontière entre les territoires de Dungu et Niangara avant d'entrer complètement dans ce dernier où elle draine la localité de Niangara chef-lieu du territoire. A sa sortie de Niangara, l'Uele entre dans la province du Bas-Uele en serpentant entre les territoires de Poko et Ango. Elle finit par marquer tour à tour la limite entre les territoires de:
- Poko et Ango
- Ango et Bambesa
- Bambesa et Bondo
- Bondo et Buta
- Bondo et Aketi
L'Uele marque également une frontière entre les provinces du Bas-Uele et Nord-Ubangi avant d'entrer complètement dans ce dernier pour rencontrer, près de la localité de Yakoma, la rivière Bomu à 397 m d'altitude. Cette rencontre donne naissance à la rivière Ubangi. Son parcours est orienté Est-Ouest avec une longueur de 980 km mais de 1100 km si l'on prend en compte la source de la rivière Kibali.
Ses principaux affluents :
- Uere
- Loko
- Kibali
- Amba
- Turu
- Dungu
- Kaka
- Duru
- Kapili
- Gada
- Kibiwa
- Bwere
- Guba
- Sano
- Wala
- Bima
- Bomokandi
- Lombe
- Buma
- Bili Moke
- Bagi
- Mangie
- Djombo
- Peme