Elle prend sa source dans la province de Maniema plus précisement dans le territoire de Kabambare au sud de la localité de Kalunga-Mugabo près de la frontière du Tanganyika. Depuis sa source située à 1053 m d'altitude, elle s'écoule dans un premier temps en direction est avant de prendre la direction nord puis finalement nord-ouest. Elle trace ensuite la limite sud du domaine de chasse de la Lwama-Kivu jusqu'à sa confluence avec la rivière Lwama, à 572 m d'altitude.

La rivièreKilunguye est donc un sous affluent du fleuve Congo dans le sous-bassin du Lualaba en RD congo d'une longueur de 169 km. Elle possède plusieurs affluents peu renseignés àl'exception de la rivière Lubondoye.