Elle coule entièrement dans le plateau de Bateke à Kinshasa où elle naît de la confluence entre les rivières Bombo et Lumene dans le domaine de chasse de Bombo-Lumene. Son cours est dans son entièreté orienté sud-nord. Elle est rejointe par son affluent la Muti-Mutiene juste avant de franchir la route nationale une (RN1) près de Dumi. Elle pousuit ensuite en direction nord jusqu'à rejoindre la rivière Lufimi juste avant que cette dernière ne se jette dans le fleuve Congo au Sud de la localité de Langa-Langa.

La rivière Mayi-Ndombe est longue de 61 km depuis la confluence de la Bombo et la Lumene mais 242 km depuis la source de la rivière Bombo voir même 247 km depuis la source de la rivière Lwidi, un affluent de la Bombo.

 

Principaux affluents:

 

• Muti-Mutiene (128,8 km)
• Mbisi (50,2 km)