Elle prend sa source dans les monts Mitumba à l'ouest de la localité de Kilumbi sur le territoire de Kalemie dans la province du Tanganyika, à 1826 m d'altitude. Elle est dans son entièreté orienté nord-sud. Elle coule parallèlement à la route nationale 5 jusqu'à la hauteur de la localité de Lukenge puis bifurque en direction est. Elle reprend à nouveau la direction sud jusqu'à son embouchure dans le lac Tanganyika à l'est de l'aéroport de Kalémie, à 767 m d'altitude.

La Rugumba est une rivière bu bassin du Tanganyika en RD Congo d'une longueur de 105 km.