Elle sort du lac Mutanda en Ouganda à 1786 m d'altitude puis coule d'abord en direction Nord jusqu'à la frontière Congolaise. Elle pénètre en RD Congo par la province du Nord-Kivu dans le territoire qui porte son nom en prenant la direction Sud.
C'est au niveau de la localité de Rwanguba que la Rutshuru prend à nouveau la direction Nord et coule dans une vallée délimitée au Sud par les volcans Nyirangongo, Nyamuragira et Mweno. Elle passe ensuite au Sud de la ville de Rutshuru puis pénètre dans le parc des Virunga où elle va se jeter dans le lac Edouard près de la localité de Bwera à 912 m d'altitude. La Rutshuru possède parcours long de 125 km.
Ses principaux affluents:
- Ondo
- Ivi
- Mayi ya Kwenda
- Fuku
- Kitshuru
- Kabarazu