Elle prend sa source aux confins de la frontière Sud-soudanaise sur le territoire de Dungu dans la province du Haut-Uele. Sa source est située non loin de la localité de Bongi, à l'Ouest de la réserve de chasse d'Azande. Elle coule d'abord en direction Ouest parallélement à la frontière puis bifurque en direction Sud-Ouest jusqu'à la localité de Bangadi où elle franchit la route R419 reliant Doruma à Niangara. Elle marque ensuite la limite territoriale entre Dungu et Niangara, sur près de 130 km, jusqu'à son embouchure dans la rivière Uele entre les localités de Niangara et Amadi.

La rivière Bwere est un affluent de rive droite de L'Uele dans le bassin de l'Ubangi d'une longueur de 233 km. 

Ses principaux affluents:

• Bwembe
• Makusa
• Akpandara
• Moro
• Suka
• Ambikpala
• Jamba