L'Uele se forme par la rencontre des rivières Dungu et Kibali près de la localité de Dungu dans la province du Haut-Uele à plus de 690 m d'altitude. Elle marque une première fois la frontière territoriale entre Dungu et Niangara avant d'entrer complètement dans ce dernier où elle draine la localité de Niangara, chef-lieu du territoire. A sa sortie de Niangara, l'Uele entre dans la province du Bas-Uele en serpentant entre les territoires de Poko et Ango. Elle finit par marquer tour à tour la frontière entre les territoires de:
- Poko et Ango
- Ango et Bambesa
- Bambesa et Bondo
- Bondo et Buta
- Bondo et Aketi
L'Uele marque également la frontière provinciale entre le Bas-Uele et le Nord-Ubangi avant d'entrer complètement dans ce dernier pour rencontrer, près de la localité de Yakoma, la rivière Bomu à 397 m d'altitude. C'est de cette rencontre que prend naissance la rivière Ubangi.
L'Uele coule dans sa totalité d'Est en Ouest et est longue de 980 km mais de 1100 km si l'on prend en compte la source de la rivière Kibali.
Ses principaux affluents :