Elle prend sa source à l'ouest de la ville de Lubutu, chef-lieu du territoire homonyme dans la province de Maniema. Elle se dirige dans un premier temps en direction Sud jusqu'à la hauteur de la localité d'Obokote puis bifurque en direction ouest et quitte le Maniema. Elle pénètre ensuite dans la province de Tshopo par le territoire d'Ubundu où elle se jette dans le fleuve Congo en face de la ville d'Ubundu, chef-lieu du territoire homonyme.

La Lilo est un affluent de rive droite du Congo dans le bassin de Lualaba d'une longueur de 240 km. Il existe une autre rivière au nom de Lilo dans la rive gauche du Congo

                                                                                                           

Principaux affluents:

 

• Lokanie
• Nakasingayi
• Ambata
• Sikinu
• Ayani