La Makongo est un cours d'eau de la province du Bas-Uele, en République démocratique du Congo. Affluent de la rivière Bomokandi d'une longueur de 158 km, elle relève du sous-bassin de l'Ubangi. Elle est la rivière éponyme de la localité de Makongo, qu'elle draine non loin de son embouchure.

La rivière Makongo prend sa source sur le plateau de l'Uele-Ubangi, à 705 m d'altitude. Cette source se situe au sud-est de la localité de Mawa, dans le territoire de Poko. Après avoir drainé ce dernier territoire, le cours de la Makongo forme la frontière avec le territoire de Bambesa, jusqu'à son embouchure dans la rivière Bomokandi, à 612 m d'altitude.

 

Principaux affluents :

 

• Noki
• Nenguma
• Lobone
• Nao
• Lopelope
• Malengwa