Elle prend sa source au Nord-Ouest de la localité de Kolongo sur le territoire de Budjala dans la province du Sud-Ubangi. De là, elle coule d'abord en direction Sud puis prend la direction Est jusqu'à la localité de de Budjala dont elle marque la limite Ouest. Elle franchit ensuite la route principale RP322 (axe Kungu-Budjala) et prend la direction Sud jusqu'à la province de l'Equateur où elle se jette dans le fleuve Congo à l'Est de la localité de Lusengo.
La Moeko est un affluent de rive droite du Congo, dans le bassin du Moyen Congo, d'une longueur de 155 km.
En plus de Budjala, chef-lieu du territoire homonyme, elle draine également les localités de Bamba et Bopeko.
Ses principaux affluents :
- Ebula
- Singo
- Sekwa
- Mpuli
- Bongo