Le bassin versant du Moyen Congo est l'un des 7 sous-bassins versants qui forment le bassin du Congo. Il constitue le territoire drainé par le fleuve Congo et tous ses affluents dans son cours moyen à l'exception de la rivière Sangha qui forme avec ses affluents, un autre bassin appartenant lui aussi au bassin du Congo.
Le bassin du moyen Congo est délimité au Nord par le bassin de l'Ubangi, à l'Ouest par les bassins de l'Ubangi à nouveau, de Sangha et de l'Ogoué, au Sud par le bassin du Kasaï et à l'Est par les bassins du Lualaba et du Nil. D'une superficie de 705'000 km2, il est a cheval sur le territoire de la RD Congo et du Congo-Brazzaville.
En RD Congo
Le bassin du Moyen Congo occupe un espace constitué essentiellement de fôrets denses où l'altitude ne dépasse guère 500 m, excepté le Nord-Est du bassin. Une grande partie du bassin se trouve dans une zone de depression que l'on nomme la cuvette centrale du Congo. La densité de la population est moins dense que dans le bassin du Bas-Congo. On y trouve quelques villes et localités dont certaines sont des chef-lieu des provinces à l'instar de Lisala, Boende, Buta et Mbandaka. Cette dernière forme avec la ville de Bumba, les deux seules localités de plus de 100'000 habitants.
Le bassin du Moyen Congo est à cheval sur les provinces d'Equateur, Sud-Ubangi, Nord-Ubangi, Mongala, Bas-Uele, Ituri, Tshopo, Nord-Kivu, Tshuapa, Sankuru, Mai-Ndombe et Kasaï.
Affluents du Congo dans ce bassin:
- Aruwimi (1287 km)
- Mongala (600 km)
- Dua (223 km)
- Ebola (250 km)
- Banga Melo (128 km)
- Libala (90 km)
- Lulonga (700 km)
- Itimbiri (650 km)
- Ruki (995 km)
- Ikelemba (345 km)
- Moeko (155 km)
- Molua (75 km)
- Lofofe (78 km)
- Moliba
- Mbali
- Gempoko
- Nsolu
- Sangasi
- Modiba
- Manga
- Lukombe
- Loango
- Loleke
- Lula
- Mokeke
- Makpulu
- Loaka
- Lunua
- Liongo
- Molala
- Le
- Mombongo
- Eyole
- Kalipande
- Likana
- Mokene
- Pimu
- Langalanga
- Liboli
- Ilongo
- Loende
- Likunda
- Mambuti
- Ilongo
- Loende
- Likunda
- Matindi
- Mambuti
- Maningu
- Lowekuma
- Lowelahole
- Lolanda
- Mokila
- Moho
- Mioka
- Bendjere
- Molema
- Bobandji
- Mokabi
- Likeli
- Sambo
- Sapa
- Mopesa
- Engombi
- Modjolo
- Mombulanga
- Bolongo
- Mosandjo
- Mosenge
- Mombongo
- Masanga
- Pomba
- Litoi