Elle prend sa source à l'Est de la localité de Bominenge sur le territoire de Gemena dans la province du Sud-Ubangi.
A la sortie du territoire de Gemena, la Ngiri devient la frontière territoriale entre Budjala et Kungu puis pénètre dans la province de l'Equateur. Dans cette dernière, elle sépare également les territoires de Makanza et Bomongo avant d'entrer entièrement dans ce dernier où elle draine la localité de Bomongo puis se jette peu après dans la rivière Ubangi, au Nord-Ouest de la ville de Mbandaka, capitale de la province.
La Ngiri marque la limite Ouest de la réserve du triangle de la Ngiri dont elle a influencée la dénomination.
Elle est un sous affluent du fleuve Congo dans le bassin de l'Ubangi en RD Congo d'une longueur de 451 km.
Le cours de la Ngiri est dans son entièreté orienté Nord-Sud et traverse des zones marécageuses de la cuvette centrale du Congo. Elle est rejointe par plusieurs chenaux qui certains se déversent parfois dans le fleuve Congo en période des crues.
Affluents majeurs :
- Moando
- Banga
- Lua
- Kaya
- Buku
- Mokemba
- Bozu
- Djiba
- Ebulu
- Gongo
- Lungu
- Liboko
- Chenal Moliba
- Liboko-Moke
- Chenal Bolungu
- Ewandi-Liboko
- Nialangu
- Chenal Dobo
- Chanal Bosesela
- Chenal Eleku
- Chenal Maleke