Elle prend sa source dans la province d'Ituri, au Sud-Est de la localité d'Ariwara sur le territoire d'Aru. Sa source se situe à 1616 m d'altitude non loin de la frontière ougandaise qui est aussi à cet endroit, la frontière entre le bassin du Congo et celui du Nil.
La rivière Nzoro coule d'abord en direction Nord puis franchit la route povinciale 434 et prend la direction Ouest. A la sortie du territoire d'Aru, elle pénètre dans la province du Haut-Uele par le territoire de Faradje où elle est rejointe par la Lowa, son principal affluent. Avant la fin de son parcours, elle trace la limite Sud de la réserve de chasse de Gangala na Bodio jusqu'à sa confluence avec la rivière Kibali au Nord de la localité de Watsa.
La rivière Nzoro a une longueur de 262 km et abrite 2 aménagements hydroélectriques exploités par la KGM (Kibali Goldmine).
Principaux affluents:
- Lowa
- Iri
- Alala
- Albina
- Kobibe
- Yende
- Madi
- Kogi
- Kinki
- Niamwa
- Ande
- Yambo
- Oludi
- Wondio
- Kenya
- Abo
- Keri