La rivière Kibali prend sa source dans la province d'Ituri, aux pieds des monts Bleus à plus de 1600 m d'altitude. La source peut être située entre les territoires de Djugu et Mahagi.
Elle coule d'abord en direction Nord sur le territoire de Mahagi puis pénètre ensuite dans le territoire d'Aru où elle prend la direction Ouest. A sa sortie d'Aru, elle entre dans la province du Haut-Uele par le territoire de Faradje. Elle arrose également le territoire de Watsa où elle reçoit sur sa rive droite, la rivière Nzoro. Après Watsa, elle entre dans le territoire de Dungu où elle marque la limite Sud du domaine de chasse de Gangala na Bodio puis arrose la localité de Dungu à l'endroit où elle conflue, sur sa rive droite, avec la rivière Dungu. C'est de cette confluence que nait la rivière Uele. La rivière Kibali possède un parcours long de 330 km.
Le cours supérieur de la Kibali est située dans une zone aurifère dont la plus grande mine est exploité par l'entreprise Kibali Gold Mines. Cette dernière exploite la force de la rivière pour produire l'électricité à travers plusieurs centrales hydrauliques. D'autres projets de centrales hydrauliques sont prévues pour augmenter la capacité de production minière.
Ses principaux affluents :