Elle prend sa source dans la province de Tshopo plus précisément dans le territoire de Yahuma à 455 m d'altitude. De là, elle s'écoule d’abord en direction nord-ouest puis devient la frontière entre la province de Tshopo et celle de Tshuapa sur environ 145 km. Elle finit par prendre la direction ouest et entrer dans la province de Tshuapa où elle n’arrose que le territoire de Djolu. En quittant la Tshuapa, la Lopori pénètre dans la province de Mongala dans laquelle elle draine également un seul territoire: celui de Bongandanga. Elle continue son periple dans la province de l'Equateur où elle rencontre, près de la localité de Basakunsu, la rivière Maringa à 325 m d'altitude. De cette rencontre naît la rivière Lulonga qui finit sa course dans le fleuve Congo près de la localité de Lulonga.
La Lopori possède un parcours orienté est-ouest d'une longueur totale de 752 km (d'après les données Openstreetmap) et est un sous affluent du fleuve Congo dans le sous bassin du Moyen Congo.
La Lopori est le dix-huitième plus long cours d'eau de la RD Congo.
Affluents majeurs:
- Bolendo (273 km)
- Yekokola (249 km)
- Lonua (113,3 km)
- Lohole
- Montoku
- Libeke
- Loho
- Itufa
- Boyei
- Bonafu
- Lufu
- Loesu (43,3 km)