Elle prend sa source entre les localités de Yombilo et Boswandongo sur le territoire de Djolu dans la province de Tshuapa. De là, elle coule en direction nord-ouest jusque dans la province de Mongala où elle marque la limite nord de la réserve de faune de Lomako-Yekokola à qui elle a donné une partie de son nom. Dans la Mongala, la Yekokola ne draine que le territoire de Bongandanga. Elle matérialise également la frontière provinciale entre la Mongala et l'Equateur. C'est finalement dans cette dernière qu'elle se jette dans la rivière Lopori au sud-ouest de la localité de Djambo après un parcours long de 249 km.

La Yekokola est un sous affluent de la rivière Lulonga dans le bassin du Moyen Congo.

Affluents majeurs:

• Djafe
• Lotomo
• Bekolongo
• Bankenda
• Mondjeto
• Kake
• Loyeku
• Banga
• Bokolongo
• Boliaya
• Iyonga
• Bofila
• Momo
• Ilongia