Elle coule entièrement dans la province d'Ituri où elle prend sa source au pied des monts Bleus sur le territoire de Mahagi au sud de la localité de Djalasiga à 1640 m d'altitude. Son parcours est dans son entièreté orienté nord à sud-ouest.

La Shari draine également le territoire de Djugu où elle est rejointe par la rivière Nizi, son principal affluent. A la sortie de Djugu, elle pénètre dans le territoire d'Irumu dans lequel elle est gonflée par les eaux de plusieurs affluents qui arrosent la ville de Bunia tels la Mboyo, la Ngezi et la Kidjogoli.

Après un parcours de 211 km, elle finit par se jeter dans la rivière Ituri à proximité de la localité d'Irumu à 880 m d'altitude.

La Shari est donc un sous affluent de l'Aruwimi dans le bassin du Moyen Congo en RD Congo.

 

Principaux affluents:

 

• Nizi (102,4 km)
• Ngezi (48 km)
• Loya (41 km)
• Kidjogoli (27 km)
• Mbiyo (6,5 km)