Elle prend sa source à l'Est de la ville d'Isiro sur le territoire de Rungu dans la province du Haut-Uele. Son cours dans le Haut-Uele est entièrement orienté d'Est en Ouest. Elle franchit la route nationale 25 au Sud d'Isiro et poursuit en direction Ouest jusque dans la province du Bas-Uele par le territoire de Poko. Elle bifurque ensuite en direction Sud avant de devenir la frontière provinciale entre le Bas-Uele et la Tshopo jusqu'à sa confluence avec la rivière Nepoko. Cette dernière conflue avec la rivière Ituri pour prendre le nom d'Aruwimi.
La rivière Nava est un affluent de rive droite de la Nepoko dans le bassin du Moyen Congo d'une longueur de 238 km.
Principaux affluents:
- Nania
- Nengongo
- Bela
- Kome
- Dikilindi
- Embia
- Nebia
- Nebinso
- Neloa
- Apagbo
- Namopina